凝膠層析蛋白純化系統要利用不同蛋白間內在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來除去非蛋白物質的污染，而利用各蛋白質的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學活性都會有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來得到重組蛋白。

凝膠層析蛋白純化系統大致分為粗分離階段和精細純化階段二個階段。

 

凝膠層析蛋白純化系統分離純化方法如下幾點：

（1）根據分子大小不同的分離方法：透析和超過濾（利用蛋白質分子不能通過半透膜）；密度梯度離心（蛋白質在介質中離心時質量和密度較大的顆粒沉降較快）；凝膠過濾（一種柱層析）；

（2）利用溶解度差別分離：等電點沉淀法）由于蛋白質分子在等電點時凈電荷為零，減少了分子間靜電斥力，因而容易聚集沉淀，此時溶解度zui?。?；鹽溶與鹽析（利用一定濃度鹽溶液增大或減小蛋白質的溶解度）；

（3）根據電荷不同的分離方法，主要包括電泳和離子交換層析分離；

（4）蛋白質的選擇吸附分離（利用顆粒吸附力的強弱不同達到分離目的）；

（5）根據配體特性的分離——親和層析（利用蛋白質分子與另一種稱為配體的分子能夠特異而非共價地結合這一生物性質）。