金屬螯合蛋白純化系統不同種類的蛋白質在分子大小方面有一定的差別，可用一些簡便的方法，使蛋白質混合物得到分離。

　　1、離心分離置換緩沖液

　　許多酶富集于某一細胞器內，勻漿后離心得到某一亞細胞成分，使酶富集10-20倍，再對特定的酶進行純化。差速離心，分辨率較低，僅適用于粗提或濃縮。速率區帶法，如離心時間太長所有的物質都會沉淀下來，故需選擇較佳分離時間，可得到相當純的亞細胞成分用于進一步純化，避免了差速離心中大小組分一起沉淀的問題，但容量較小，只能用于少量制備。等密度梯度離心常用的介質有蔗糖、聚蔗糖、氯化銫、溴化鉀等。

 

　　2、凝膠過濾(GF)

　　這是根據分子大小分離蛋白質混合物有效的方法之一，注意使要分離的蛋白質分子量落在凝膠的工作范圍內。選擇不同的分子量凝膠可用于脫鹽、置換緩沖液及利用分子量的差異除去熱源。

 

　　3、透析和超濾

　　透析在純化中極為常用，可去除鹽類（脫鹽及置換緩沖液）、有機溶劑、低分子量抑制劑等。超濾一般用于濃縮和置換溶液。